Olá Sheila
São coisas distintas.
O Fator R está relacionado aos anexos do Simples Nacional, ou seja, empresas de serviços do anexo V que tenha folha de pagamento igual ou superior a 28% tem o benefício de recolher seus impostos no anexo III.
A retenção previdência, como nome diz, está relacionado ao INSS, pois esse serviço é passível de retenção, mas de acordo com a Lei, nessa situação não terá retenção na Fonte, ou seja, na Nota Fiscal.
Espero ter ajudado.