Olá Ana Caroline, tudo bem?
Sim, o raciocínio está correto: quando a empresa vende cursos online diretamente para Pessoa Jurídica, e essa atividade for considerada serviço sujeito à retenção, como é o caso de serviços de instrutoria, treinamento ou ensino, podem sim incidir IRRF (código 1708) e CSRFs (código 5952 – PIS, Cofins, CSLL), desde que a PJ compradora esteja obrigada a reter.
No caso descrito, como o pagamento foi feito via Sympla direto no cartão da compradora, e o valor foi repassado bruto para a prestadora do serviço (sem as retenções), a empresa prestadora deverá fazer a auto retenção dos tributos, sim.
Espero ter ajudado!