Olá Camila
Sim, o benefício pode ser indeferido ou até cessado, dependendo das circunstâncias. O principal ponto de atenção aqui é que o auxílio por incapacidade temporária (antigo auxílio-doença) exige que o segurado esteja temporariamente incapaz de exercer qualquer atividade laboral. A emissão de pró-labore durante o afastamento, ainda que em razão de continuidade da empresa, pode ser interpretada como exercício de atividade remunerada, o que configura incompatibilidade com o recebimento do benefício.
Espero ter ajudado.