Olá, boa tarde!
Você pode fazer a baixa da empresa, se desejar, mesmo com as dívidas.
A dívida não vai sumir, mas com a baixa, o sócio fica responsável pela regularização.
Caso não dê a baixa, por ter sido excluída do Simples Nacional, deve recolher os tributos e enviar as obrigações acessórias como Lucro Presumido ou Real.
Temos um módulo referente ao Lucro Presumido, caso queira se aprofundar no assunto:
Espero ter ajudado.