Olá Valderi
Empresa desenquadrada de MEI em 31/12/2024 não possui registro na Junta Comercial, portanto não existe contrato social nem requerimento empresarial. Por isso, não é correto nem necessário registrar a empresa na JUCESP apenas para depois dar baixa. O procedimento correto é emitir um certificado digital e-CPF em nome do titular do MEI, pois a JUCESP aceita e-CPF para assinatura do DBE e do processo de baixa, desde que o CPF esteja vinculado ao CNPJ na Receita Federal. Não é obrigatório e-CNPJ nesse caso. Com o e-CPF, você faz o DBE de baixa (evento 517), assina digitalmente e protocola a baixa pela VRE/REDESIM da Junta de São Paulo, sem exigência de ato constitutivo inexistente. A certificadora que pede contrato social está aplicando regra de e-CNPJ, não de e-CPF.
Espero que ajudado.