Olá Mateus, boa noite.
A inscrição no Cadastro Nacional da Pessoa Jurídica (CNPJ) pode ser declarada inapta devido à omissão na entrega de quaisquer declarações por 90 dias após o prazo estipulado. Se a empresa estiver inapta, ainda é possível solicitar a baixa do CNPJ.
Em relação à multa por falta de entrega da DCTF, o valor é de 2% ao mês sobre o total de contribuições informadas, mesmo que tenham sido pagas, limitado a 20% desse montante. A multa mínima é de R$ 200,00 para DCTF sem movimento (quando não há fato gerador de tributos) e de R$ 500,00 nos demais casos. Portanto, se houver vários anos de DCTF em atraso, o valor da multa pode ser significativo.
Quanto ao momento em que a Receita Federal cobrará a multa, a notificação de lançamento da multa é emitida assim que a declaração em atraso é enviada. O contribuinte tem 30 dias para pagar a multa. Após este prazo, começam a correr juros de mora (taxa Selic).
Por fim, é importante notar que a multa pode ser reduzida em 50% se a DCTF for enviada antes de qualquer procedimento de ofício, ou em 25%, se a apresentação da declaração for dentro do prazo estabelecido na intimação. No entanto, se o pagamento da multa não for realizado dentro de 30 dias, o contribuinte perde o desconto de 50%.
Espero ter ajudado