Isso pode te ajudar a entender melhor a orientação do município, ela reflete o entendimento mais recente e restritivo consolidado no STJ em 2024, que exige que o material seja produzido pelo próprio prestador fora do local da obra (e sujeito ao ICMS) para poder ser deduzido da base do ISS. Vale notar que esse entendimento está sendo contestado (o TJSP concedeu liminar em 2025 restabelecendo a dedução ampla, mesmo para material comprado de terceiros), mas a matéria ainda não está pacificada nos tribunais superiores. Então a posição do município e mais conservadora é a que a maioria das prefeituras vem adotando hoje.
Separando as duas perguntas:
1. A dedução do material é cabível nesse caso?
Pela orientação que o município te deu (e que está alinhada com a jurisprudência majoritária atual do STJ): Não. Como o material foi comprado de terceiros e apenas aplicado na obra não fabricado pela própria construtora fora do local da prestação, não há direito à dedução. Nesse cenário específico, o ISS incide sobre o valor bruto da nota, incluindo os materiais. Ou seja: o cálculo automático do seu sistema (sobre o valor bruto) está correto para este caso, não é uma "falha" a ser corrigida editando a base.
A dúvida sobre "editar a base" só apareceria se a dedução fosse cabível (ex.: se a construtora produzisse o próprio material em outra unidade, fora do canteiro). Nesse caso hipotético, a maioria dos sistemas de NFS-e, principalmente os que seguem o layout nacional (ADN NFS-e) ou o padrão ABRASF tem um campo específico de "valor de deduções" / "valor de material empregado", que reduz apenas a base de cálculo do ISS, mantendo o valor bruto da nota íntegro para outros fins (retenções de IRRF, PIS/COFINS/CSLL, faturamento contábil etc., que incidem sobre o valor total). Não é uma edição manual da base calculada, e sim um campo de dedução informado separadamente, vale verificar se o layout do município da construtora disponibiliza esse campo, e se o sistema utilizado por ela o suporta.
2. Quem retém o ISS e com qual alíquota — ponto que merece atenção separada
Como se trata de execução de obra de construção civil, o ISS é devido no município onde a obra está localizada (art. 3º, III, da LC 116/2003), independentemente do domicílio da construtora. Como o tomador é PJ e a prestadora não está estabelecida no município da obra, é bem provável que a legislação desse município (o da obra, não o da construtora) preveja a retenção obrigatória pelo tomador, situação comum para prestador não estabelecido.
Isso muda o que você precisa checar na emissão da NFS-e:
A alíquota a aplicar é a do município da obra, não a do município de domicílio da construtora;
A nota deve indicar "ISS retido = sim", com o código do município da obra;
Vale confirmar na legislação municipal do local da obra se essa retenção pelo tomador é obrigatória e qual a alíquota vigente lá, isso é independente da discussão sobre dedução de material.
Isso está fundamentado em dois dispositivos da LC 116/2003 (norma geral do ISS), mais o que estiver na legislação municipal do local da obra:
1) Competência municipal (onde o ISS é devido): Art. 3º, III, da LC 116/2003: para os serviços do subitem 7.02 (execução de obras de construção civil), o imposto é devido no município onde a obra é executada, e não no domicílio do prestador. É esse artigo que justifica o ISS ser devido no município onde o supermercado está sendo construído, independentemente de onde a construtora tenha sede.
2) Responsabilidade do tomador pela retenção: Art. 6º, §2º, II, da LC 116/2003: atribui à pessoa jurídica tomadora dos serviços descritos nos subitens 3.05, 7.02, 7.04, 7.05, 7.09, 7.10, 7.12, 7.14 a 7.17, 7.19, 11.02, 17.05 e 17.10 a responsabilidade pelo pagamento do ISSQN, ainda que imune ou isenta. O subitem 7.02 (execução de obras) está expressamente na lista é a base legal geral para a retenção pelo tomador PJ nesse tipo de serviço.
Importante: Esse artigo é a norma geral (lei complementar nacional), mas a exigibilidade concreta da retenção quem retém, quando, com qual alíquota, quais penalidades, precisa estar prevista na lei/Código Tributário do município da obra (o município que detém a competência ativa, conforme o art. 3º acima). Ou seja, você precisa checar o Código Tributário Municipal (ou legislação específica de ISS) desse município para confirmar: se ele exige a retenção do tomador para prestador não estabelecido no território, qual a alíquota aplicável ao subitem 7.02 e se há algum limite de valor ou exceção.
3) Dedução de materiais Art. 7º, §2º, I, da LC 116/2003: exclui da base do ISS o valor dos materiais fornecidos pelo prestador nos serviços dos subitens 7.02 e 7.05. É esse dispositivo que gera a controvérsia que expliquei antes a interpretação restritiva do STJ (2024) limita essa exclusão aos materiais produzidos pelo próprio prestador fora do local da obra, e é essa leitura que a maioria dos municípios (inclusive o seu) tem adotado via parecer normativo ou decreto próprio.
Resumindo o encadeamento: Art. 3º define o município competente → art. 6º, §2º, II diz que cabe ao tomador reter → a lei municipal desse município (do local da obra) regulamenta como isso funciona na prática → art. 7º, §2º, I define a base de cálculo (com a discussão sobre dedução de material que vimos antes).
O marco mais citado é o AgInt no AREsp 2.486.358/SP, julgado pela 2ª Turma do STJ em maio de 2024 (publicado/divulgado pela CNM em outubro de 2024). Mas ele é a consolidação de uma linha que já vinha se firmando desde 2023, vale entender a sequência, porque ela explica por que os municípios passaram a exigir isso com mais rigor a partir daquele ano:
Detalhes do Julgamento
Órgão julgador: Segunda Turma do Superior Tribunal de Justiça (STJ).
Relator: Ministro Herman Benjamin.
Data do julgamento: 13 de maio de 2024 (com publicação do acórdão em 29/05/2024).
Tema central: Base de cálculo do ISSQN em serviços de construção civil (subitens 7.02 e 7.05 da Lista de Serviços da Lei Complementar nº 116/2003).
Linha do tempo
RE 603.497/MG (Tema 247): STF, relatoria da Min. Ellen Gracie. O julgamento original (2010) tinha sido lido por muito tempo como permitindo a dedução ampla de materiais, mesmo comprados de terceiros. Mas nos embargos de declaração, em dezembro de 2022, o STF esclareceu que a repercussão geral não reformou o entendimento do STJ — ou seja, confirmou que a orientação restritiva do STJ continuava válida.
REsp 1.916.376/RS: 1ª Turma do STJ, março de 2023 (trânsito em julgado em maio/2023). Envolvia serviço de concretagem. Fixou que a base de cálculo do ISS é o preço integral do serviço, não sendo possível deduzir os materiais empregados, salvo se produzidos pelo prestador fora do local da obra e por ele comercializados destacadamente com incidência de ICMS.
AgInt no AREsp 2.486.358/SP — 2ª Turma, maio de 2024. Reafirma exatamente essa tese, com a mesma redação, e é o precedente mais recente citado pelos municípios (inclusive pela CNM, em orientação formal recomendando aos municípios revisar suas legislações para tributar o valor dos materiais).
O que essas decisões dizem, na prática: Só é dedutível o material que o próprio prestador fabrica fora do canteiro de obras, como mercadoria destinada ao mercado em geral, com destaque de ICMS na nota. Ficam fora da dedução:
materiais comprados de terceiros e aplicados na obra (o seu caso);
materiais produzidos pelo próprio prestador, mas dentro do próprio local da obra.
A lógica usada pelo STJ é que, nesses casos, não existe uma operação de venda de mercadoria separada da prestação de serviço — é tudo parte do mesmo contrato de execução da obra, então não há bitributação ICMS/ISS a evitar, e o preço integral (serviço + material) compõe a base do ISS.
Ponto de atenção Essa não é uma "súmula" ou julgamento em recursos repetitivos com efeito vinculante erga omnes, são decisões de Turma que consolidaram a jurisprudência da Corte. Por isso ainda existe espaço para discussão (como mostra aquela liminar do TJSP que comentei antes), mas é a posição que prevalece hoje e que a maioria dos municípios já incorporou às suas normas internas, coerente com o que o município te informou.