Olá Rosimar
A cobrança de ICMS por antecipação na transferência entre filiais de um mesmo grupo, de Santa Catarina para a Bahia, não é correta.
Segundo a legislação, transferências entre filiais de um mesmo grupo não configuram fato gerador de ICMS, pois não há circulação econômica de mercadoria, apenas movimentação física.
A decisão ADC 49 reforça que não há incidência de ICMS em transferências entre estabelecimentos do mesmo titular, mesmo que em estados diferentes. A operação é considerada uma movimentação interna do grupo, e não uma venda ou operação comercial que geraria ICMS.
Nesse caso, a empresa pode contestar a cobrança junto à Sefaz da Bahia, apresentando a documentação que comprova a natureza da operação como transferência interna.
Mas antes disso, verifique se há alguma legislação específica na Bahia que possa estar sendo interpretada de forma a justificar a cobrança, embora, em princípio, não deva haver incidência.
Espero ter ajudado.