Olá Bruna, tudo bem?
No Lucro Real, os créditos de PIS e Cofins não são calculados sobre os fretes na saída. Isso porque, quando a transportadora presta o serviço, temos uma receita de frete, que sofre a incidência normal de PIS e Cofins (débito).
Os créditos acontecem nas operações de entrada, ou seja, quando a empresa contrata serviços de transporte vinculados à sua atividade (como transporte de insumos, mercadorias adquiridas para revenda ou matérias-primas). Nesses casos, é possível se creditar dos valores de PIS e Cofins destacados pelo prestador de serviços de transporte.
Espero ter ajudado!