Olá Renato.
1- A alíquota efetiva é aplicada sobre o faturamento tributável pelo Simples Nacional, ou seja, sobre as receitas que não estão sujeitas a regimes monofásicos ou substituição tributária. Portanto, produtos com ICMS-ST não são tributados pelo Simples Nacional para fins de ICMS, e a alíquota efetiva não se aplica a eles. Ela será utilizada apenas para os produtos sem ICMS-ST.
2-É necessário calcular duas alíquotas efetivas de ICMS: uma para os produtos sem ST e outra para os com ST, aplicando os respectivos percentuais sobre a alíquota efetiva total.
3- a alíquota efetiva total já inclui todos os tributos do Simples Nacional (CPP, CSLL, IRPJ, Cofins, PIS/Pasep e ICMS). Portanto, não se deve somar a alíquota do Simples com a do ICMS. O ICMS já está embutido na alíquota total, e o que se faz é extrair o percentual correspondente ao ICMS conforme o tipo de operação.
4- No PGDAS-D, é possível informar o faturamento com ICMS-ST, mas esse imposto não é recolhido via DAS. O ICMS-ST é recolhido separadamente, por meio de guia estadual própria (como GARE ou DARE), conforme a legislação do estado do Rio de Janeiro.
5- Mesmo sendo optante pelo Simples Nacional, a empresa que comercializa produtos com ICMS-ST deve cumprir obrigações acessórias estaduais, como a entrega da DeSTDA (Declaração de Substituição Tributária, Diferencial de Alíquota e Antecipação), emissão de NF-e com destaque do ICMS-ST, controle de estoque e guarda dos documentos fiscais, além do recolhimento do ICMS-ST via guia estadual.
Atenção ao fazer a declaração do simples para não ser tributado novamente. Separe a receita com ICMS ST que ja foi pago pelo DARE ou GARE. Assim, será calculado corretamente o valor do icms a ser pago dentro do DAS.
Espero ter ajudado