Olá Vanessa,
O receita saúde é para o profissional que atua como pessoa física, o recibo deve ser emitido em nome do paciente.
Quando o autônomo presta serviço para uma PJ, a mesma deve fazer o RPA e recolher os impostos devidos: INSS e IRPF (caso tenha a depender do valor do pagamento ao autônomo). Fazendo o RPA, a PJ desconta os valores do impostos no pagamento do autônomo e podendo assim gerar um informe de rendimentos.
Espero ter ajudado.