Olá Cristiane, tudo bem?
Não, a empresa do Simples Nacional que presta serviço de industrialização por encomenda não pode emitir nota fiscal com CFOP 5.124 (industrialização por encomenda) sem antes ter a entrada dos materiais a serem industrializados registrada no estoque.
A legislação exige que a empresa tenha o controle da entrada do material para comprovar que o serviço de industrialização foi realizado sobre os bens recebidos. Emitir a nota de serviço sem a entrada do material pode configurar irregularidade fiscal.
Portanto entendo, que o correto é registrar a entrada do material com a nota fiscal do remetente (cliente que enviou para industrializar) antes de emitir a nota fiscal de saída com o CFOP 5.124.
Espero ter ajudado!