Bom dia, Josiel,
Essa é uma dúvida bem comum e que gera confusão mesmo entre profissionais mais experientes, porque o tratamento do IPI e do ICMS na apuração do crédito de PIS e COFINS não é igual, apesar de parecer que deveria ser.
No regime não cumulativo, previsto nas Leis 10.637 de 2002 e 10.833 de 2003, o crédito sobre bens adquiridos para revenda ou utilizados como insumo é calculado com base no valor de aquisição. A questão é definir o que compõe esse valor de aquisição, e aí entra a diferença entre os dois tributos.
Quanto ao IPI, quando ele é recuperável pelo adquirente, ou seja, quando a empresa é contribuinte do IPI e pode se creditar dele em sua escrita fiscal, esse valor não integra o custo de aquisição do bem. Isso segue a mesma lógica contábil do Decreto Lei 1.598 de 1977, que trata o IPI recuperável como um direito a recuperar e não como custo. Como consequência, esse IPI também deve ser excluído da base de cálculo do crédito de PIS e COFINS. Se o IPI não for recuperável, por exemplo quando o adquirente não é contribuinte desse imposto, aí sim ele compõe o custo de aquisição e entra na base de cálculo do crédito.
Já o ICMS segue uma lógica diferente. Mesmo sendo recuperável pelo adquirente através do sistema de débito e crédito do próprio ICMS, ele não é excluído da base de cálculo do crédito de PIS e COFINS. A Instrução Normativa SRF 404 de 2004, que regulamenta esse cálculo, prevê a exclusão apenas do ICMS cobrado pelo vendedor na condição de substituto tributário, ou seja, o ICMS ST. O ICMS normal, destacado na nota fiscal de compra em uma operação própria, permanece dentro do valor de aquisição para fins de aproveitamento do crédito de PIS e COFINS, ainda que a empresa depois se credite desse mesmo ICMS na apuração do imposto estadual.
Resumindo então: o IPI recuperável sai da base de cálculo do crédito de PIS e COFINS, enquanto o ICMS, salvo quando se tratar de substituição tributária, permanece na base, mesmo sendo recuperável pela empresa em sua apuração própria do ICMS.