Olá Sabrina, boa noite.
Sua dúvida nao ficou clara para mim. Vou explicar como funciona de modo geral, caso não responda o ponto da sua questão, me envie uma réplica.
Primeiro, emita a guia do COFINS com o valor total apurado, sem considerar a compensação ainda.
Acesse o Portal e-CAC da Receita Federal e utilize o PER/DCOMP Web.
Preencha a declaração de compensação, informando o crédito de IRPJ pago a maior e o débito de COFINS a ser compensado. Transmita a declaração de compensação.
Após a aprovação, o valor compensado será considerado no sistema da Receita Federal.
Se a compensação for aprovada antes do vencimento da guia do COFINS, você poderá pagar apenas o valor restante após a compensação. (emita nova guia).
Caso a compensação não seja aprovada a tempo, você deve pagar o valor total da guia e, posteriormente, solicitar a restituição do valor compensado.
Espero ter ajudado