Contabilidade para transportadora

Olá Franciele, tudo bem?
No caso de subcontratação de transporte, normalmente a responsabilidade pela emissão do documento fiscal é de quem efetivamente presta o serviço:

• Transportadora principal: contrata o serviço, mas geralmente não emite nota fiscal em nome da subcontratada; apenas registra o valor como despesa.

• Subcontratada (quem realiza o transporte): deve emitir o Documento Fiscal de Serviço de Transporte (NF-e ou CT-e, dependendo do caso) cobrando o serviço prestado à transportadora principal.

Porém, essa regra pode variar conforme o estado, então recomendo que confirme junto à SEFAZ local para garantir que está correto para a situação específica da empresa.

Espero ter ajudado.