Olá Eudineia
Se o Produtor Rural emitiu Nota Fiscal modelo 55 (NF-e) não há necessidade de emitir contra nota, mas se o produtor rural não emite nota fiscal própria (seja talão modelo 4 ou NF-e modelo 55) a empresa compradora deve emitir uma nota fiscal de entrada (contra nota), para formalizar a entrada da mercadoria e possibilitar a escrituração fiscal e contábil.
Obs. Verifique a legislação Estadual para o caso da contra nota, pois as vezes existe particularidades nessa situação.
Espero ter ajudado.