Olá Leonardo
Sim. A pessoa jurídica tributada pelo Lucro Real que industrializa farelo de soja, pode aproveitar dois créditos presumidos distintos de PIS e COFINS, desde que atendidos os requisitos legais.
Na aquisição da soja como insumo de pessoa física ou cooperado pessoa física, é permitido o crédito presumido previsto no art. 8º, III e §3º, da Lei nº 10.925/2004, correspondente a 35% das alíquotas padrão do PIS (1,65%) e da COFINS (7,6%), totalizando 3,2375% sobre o valor da compra.
Além disso, na venda do farelo de soja produzido, é aplicável o crédito presumido do art. 31, II e §2º, da Lei nº 12.865/2013, também equivalente a 35% das alíquotas do PIS e da COFINS (3,2375%), calculado sobre a receita bruta de venda.
Os dois créditos são cumuláveis, pois decorrem de fatos geradores distintos (entrada de insumo e saída do produto industrializado), devendo ser devidamente escriturados na EFD-Contribuições, com comprovação da origem da matéria-prima, do processo de industrialização e da correta segregação contábil e fiscal.
Espero ter ajudado.