Olá Maria
No regime do Lucro Real, o direito ao crédito de PIS e COFINS é determinado pela natureza da aquisição — ou seja, se o gasto é insumo, mercadoria para revenda, energia elétrica, entre outros, e pela ausência de vedações legais (como produtos sujeitos à alíquota zero, monofásicos ou isenções). O regime tributário do fornecedor, por si só, não impede o crédito, mas é preciso observar um detalhe essencial: os optantes do Simples Nacional não destacam nem recolhem PIS/COFINS não cumulativos, pois estão sujeitos a um regime unificado. Por isso, não há crédito a ser aproveitado sobre essas aquisições.
Assim, não é correto alterar manualmente o CST de entrada (por exemplo, de “99” para “50”) apenas para gerar crédito no sistema, pois isso caracteriza creditamento indevido. O certo é manter o CST original, registrar a nota corretamente e documentar a análise tributária caso a caso.
Espero ter ajudado.