Olá Izabelle, tudo bem?
Via regra geral, o DIFAL e a ST incidem sobre a mercadoria.
O DIFAL é devido quando há aquisição interestadual de mercadorias destinadas a uso, consumo ou ativo imobilizado. E a ST é aplicada sobre mercadorias sujeitas a esse regime, quando previsto no protocolo ou convênio entre os estados.
O frete é um serviço de transporte e possui regras próprias de tributação pelo ICMS. Em regra, quem recolhe é a transportadora, mas existem situações em que a legislação estadual pode atribuir a responsabilidade ao tomador do serviço.
Portanto, tanto no caso de DIFAL quanto de ST, a incidência se refere à mercadoria. O frete deve ser analisado de acordo com a legislação estadual do transporte.
Como cada estado pode ter disposições específicas, é importante sempre consultar os convênios e protocolos do ICMS e a legislação da SEFAZ de origem e destino da operação.
Espero ter ajudado!