Olá Camila, boa tarde.
A ausência de um CTe substituto e a impossibilidade de reversão da manifestação tornam a regularização mais complexa. Nesse caso, é importante comprovar que o desacordo foi registrado por engano, guardando evidências como comunicações com o transportador. Ainda assim, seria arriscado escriturar o CTe sem respaldo formal, já que ele não é considerado válido para registro fiscal.
Para solucionar o problema, é recomendável que se solicite ao transportador a emissão do CTe substituto, garantindo, assim, um documento válido para escrituração. Caso isso não seja possível, é aconselhável entrar em contato com a SEFAZ, explicando a situação e solicitando orientações específicas para a regularização do documento manifestado de forma incorreta.
Espero ter ajudado