Boa tarde, Jhenifer,
Vendo o cenário descrito, a situação exige alguns cuidados, porque envolve três frentes diferentes: a omissão de declarações que gerou a inaptidão, os débitos administrativos no SIEF e a inscrição já em dívida ativa na PGFN. Cada uma dessas frentes tem um tratamento próprio dentro do processo de baixa.
O primeiro ponto a resolver é a inaptidão. A situação cadastral inapta por omissão de declarações costuma travar qualquer movimentação do CNPJ, incluindo o próprio pedido de baixa no sistema Redesim, porque a Receita Federal identifica pendência de entrega antes mesmo de avaliar débitos. Por isso, o caminho é entregar a DEFIS de 2025, os PGDAS-D de julho a dezembro de 2025 e a DIRF referente ao ano de 2024, mesmo que em atraso e com multa. Essa entrega não regulariza os valores devidos, mas regulariza a obrigação acessória, que é o que normalmente destrava a situação cadastral.
Depois de resolvida a pendência de entrega, ainda será necessária a declaração de encerramento das atividades, cobrindo o período entre o início de 2026 e a data do evento de baixa, já que essa declaração final é exigida independentemente de a empresa já estar inapta.
Sobre os débitos do SIEF e a inscrição em dívida ativa na PGFN, aqui está o ponto que costuma gerar mais dúvida: a existência desses débitos não impede a baixa do CNPJ. A Lei Complementar 123/2006, no artigo 9º, parágrafos 3º a 5º, prevê expressamente que a baixa pode ser deferida mesmo havendo obrigações tributárias, previdenciárias ou trabalhistas em aberto. O que acontece nesse caso é a transferência da responsabilidade para o titular ou para os sócios, de forma solidária, quanto aos débitos existentes no período em que ocorreram os fatos geradores. Ou seja, a cobrança continua, só que direcionada à pessoa física, e não mais ao CNPJ, que deixa de existir.
Vale lembrar que, tratando-se de MEI ou empresário individual, essa responsabilidade pessoal já existe de qualquer forma, com ou sem baixa, porque não há separação patrimonial entre a pessoa física e a empresa nesses formatos. Então, na prática, a baixa não piora a situação do titular quanto aos débitos, apenas encerra a existência do CNPJ.
Diante disso, a sequência recomendada é: primeiro entregar as declarações pendentes para sanar a omissão e destravar a situação cadastral, depois apresentar a declaração de encerramento, e então protocolar o pedido de baixa junto à Junta Comercial competente pelo Redesim, informando que existem débitos em aberto, os quais serão automaticamente transferidos à responsabilidade do titular. Paralelamente, vale avaliar se compensa negociar ou parcelar a dívida inscrita na PGFN, já que ali costuma haver opções de parcelamento e até descontos em transações, o que pode facilitar a quitação depois que o CNPJ já estiver baixado.
Sobre a segunda parte da pergunta, quanto à possibilidade de conduzir esse processo sem ter ainda o registro no CRC: mesmo tendo concluído a graduação e sido aprovada no Exame de Suficiência, o exercício da profissão contábil depende do registro ativo no Conselho, conforme o Decreto-Lei 9.295/1946. Isso significa que, formalmente, você ainda não pode assinar declarações, se cadastrar como contabilista responsável perante a Receita Federal ou a Junta Comercial, nem representar oficialmente o cliente nesses órgãos. Esse processo, para ser conduzido dentro da regularidade, precisa ficar a cargo de um contador já registrado no CRC, ou então ser feito diretamente pelo próprio titular do CNPJ, usando certificado digital ou procuração eletrônica em seu próprio nome. Enquanto o registro não sai, é possível estudar o caso, organizar as informações e acompanhar o andamento, mas sem assumir formalmente a responsabilidade técnica perante os órgãos envolvidos.