Olá Mariana, tudo bem?
Você fez certo ao preencher a DCTF retificadora com os valores corretos devidos, ou seja, o valor total do imposto que deveria ter sido declarado originalmente, não apenas a diferença.
A DCTF funciona como uma declaração de confissão de dívida. Então, na retificadora, você deve informar o valor total devido naquela competência, mesmo que parte já tenha sido paga.
Exemplo:
Valor original pago em jul/2024: R$ 1.000,00
Valor correto apurado depois: R$ 1.500,00
Na DCTF retificadora de jul/24, você deve declarar R$ 1.500,00 (não só os R$ 500,00 da diferença).
O sistema da Receita vai entender que R$ 1.000,00 já foram pagos e restam R$ 500,00 em aberto.
Após a retificação, a diferença:
Pode aparecer automaticamente como saldo devedor no Relatório de Situação Fiscal do e-Cac.
Então, recomendo após enviar as retificadoras, consulte o e-CAC → Pagamentos e Parcelamentos → Situação Fiscal.
Veja se o débito da diferença já aparece lá.
Se aparecer: gere o DARF diretamente no sistema.
Espero ter ajudado!