Olá José, boa noite.
Não, a contratante não pode fazer o desconto de 11% do valor da nota fiscal sem uma base legal específica que justifique essa retenção.
A retenção de INSS sobre serviços prestados é uma responsabilidade do prestador de serviços (no caso, a empresa que emitiu a nota fiscal), não do contratante. A contratante pode reter o INSS apenas se isso estiver previsto em lei ou regulamento específico para o tipo de serviço prestado ou para a situação contratual em questão.
Portanto, é importante verificar se há algum contrato ou legislação que autorize essa retenção específica de 11% de INSS. Caso contrário, a empresa que emitiu a nota pode contestar esse desconto e buscar a correção do pagamento feito pela contratante.
Espero ter ajudado!