Olá Danielle, boa noite.
Sim, o desconto do ICMS desonerado pode reduzir a base de cálculo do IPI. De acordo com o Supremo Tribunal Federal, em julgamento de repercussão geral (Tema 84 | RE 567.935/SC), foi definido que os descontos incondicionais, como é o caso do ICMS desonerado, não compõem a real expressão econômica da operação tributada, sendo permitida a dedução desses valores da base de cálculo do IPI.
Portanto, ao calcular o IPI a ser pago após a venda de um bem, você pode deduzir o valor do ICMS desonerado da base de cálculo. Isso está em conformidade com a decisão do STF e deve ser refletido na documentação fiscal da operação.
Espero ter ajudado!