Olá Aline
A partir do momento que saiu a alteração Contratual com o CNAE impeditivo ao Simples Nacional, a empresa foi Desenquadradada, devendo recolher os impostos e enviar as guias no regime normal, que pode ser Lucro Presumido ou Lucro Real, isso é definido pela empresa.
A partir dessa data, precisa enviar as declarações, nesse caso as pendentes e recolher os impostos se teve faturamento. Foi mencionado que teve recolhimento dentro do Simples Nacional, nesse caso, você pode solicitar a restituição dos valores pagos.
Espero ter ajudado.