Boa tarde, Kaio,
Vou detalhar essa situação porque ela tem algumas particularidades importantes quando o vendedor é um MEI optante pelo Simples Nacional.
O primeiro ponto que precisa ficar claro é qual é a natureza da operação, porque isso muda completamente a regra aplicável. Se a mercadoria está sendo vendida para uma empresa que vai revender esse produto, estamos falando de uma operação entre contribuintes do ICMS com destino a revenda. Se a venda for para consumidor final, seja pessoa física ou empresa que vai usar o produto para consumo próprio e não para revender, aí sim entra a questão do DIFAL.
Pelo título da sua pergunta, entendo que se trata de uma nota de revenda, ou seja, o destinatário em Minas Gerais e na Bahia vai comprar esses isqueiros para revender. Nesse caso, não existe DIFAL nem FCP a ser recolhido pelo MEI. O diferencial de alíquotas só é devido quando a mercadoria vai para uso ou consumo do destinatário, ou quando o destinatário é consumidor final não contribuinte do ICMS. Numa operação de revenda entre contribuintes, o que se aplica é apenas o ICMS da operação própria, calculado pela alíquota interestadual, e quem vai recolher o ICMS integral, com direito a débito e crédito, é o próprio destinatário quando ele revender a mercadoria dentro do estado dele.
Agora, se por acaso o destino for consumidor final não contribuinte, ou seja, uma pessoa física ou uma empresa que vai usar o produto e não revender, aí existe uma exceção que beneficia diretamente o seu caso. Desde 2016 existe uma liminar do Supremo Tribunal Federal na ADI 5464, que suspendeu a exigência de recolhimento do DIFAL por empresas optantes do Simples Nacional, incluindo o MEI, nessas vendas para consumidor final não contribuinte em outro estado. Essa liminar segue válida até hoje, então mesmo nessa hipótese o MEI fica dispensado de recolher o diferencial de alíquotas e o FCP para o estado de destino.
Sobre a alíquota, é importante entender que o NCM por si só não determina a alíquota do ICMS. O NCM serve para classificar fiscalmente o produto e identificar, por exemplo, se ele está sujeito a substituição tributária conforme os convênios e protocolos entre os estados, como o Convênio ICMS 142/2018. A alíquota interna do ICMS é definida pela legislação de cada estado, e a alíquota interestadual, que é a que importa para operações entre contribuintes, segue a tabela nacional definida por resolução do Senado Federal. Nas suas operações, saindo de São Paulo, a alíquota interestadual para Minas Gerais é de 12 por cento e para a Bahia é de 7 por cento, considerando que o produto não seja importado ou não tenha conteúdo de importação superior a 40 por cento, porque nesse caso a alíquota interestadual passaria a ser de 4 por cento independente do estado de destino. Vale a pena confirmar junto às Secretarias da Fazenda de Minas Gerais e da Bahia se o NCM 96138000 está incluído em algum protocolo de substituição tributária específico para isqueiros e acendedores, porque isso pode mudar a forma de tributação e exigir inscrição como substituto tributário nesses estados.
Quanto à configuração no emissor gratuito do Sebrae, esse sistema é bem simples e voltado principalmente para as operações mais comuns do MEI, então ele nem sempre tem todos os recursos para tratar cálculos mais elaborados de ICMS ST ou DIFAL. Para uma venda de revenda interestadual, o que você vai configurar é o CFOP correto, que geralmente é o 6.101 se a mercadoria for de produção própria ou 6.102 se for mercadoria adquirida de terceiros para revenda, sempre com o código referente a operações para fora do estado. Como o MEI é optante do Simples Nacional, normalmente se usa o CSOSN 500 quando há substituição tributária já recolhida anteriormente, ou o CSOSN 400 ou 900 dependendo da situação tributária do produto, sem destaque do ICMS na nota, já que esse imposto está embutido no valor pago através do DAS. Se o sistema do Sebrae não oferecer essas opções de CFOP e CSOSN especificamente para operação interestadual de revenda, vale considerar migrar para um emissor de notas fiscais mais completo, já que a complexidade tributária de vendas para vários estados costuma exigir mais parametrização do que o sistema gratuito oferece.
De toda forma, como pode haver protocolos específicos de substituição tributária envolvendo o NCM do seu produto nos estados de Minas Gerais e Bahia, recomendo confirmar diretamente com um contador ou com as Secretarias da Fazenda desses estados antes de emitir as notas, para garantir que a tributação e a documentação fiscal estejam corretas desde a primeira operação.