Olá Camila, tudo bem?
Na DIRBI não se considera a apuração de débitos e créditos como no cálculo normal do PIS/COFINS. O que deve ser informado é o valor do benefício fiscal.
Ou seja, você deve pegar a base de cálculo (valor das vendas com alíquota zero) e aplicar a alíquota cheia (9,25%). Esse valor corresponde ao montante que deixou de ser recolhido em razão da alíquota zero, e é exatamente isso que a DIRBI exige.
Espero ter ajudado!