Olá Jeniffer, tudo bem?
A empresa que tem dívidas no CNPJ poderá continuar operando normalmente, vendendo, emitindo notas e comprando de fornecedores. A reforma tributária não impede a empresa de funcionar por ter dívidas. Mas há pontos de atenção, sim:
O aproveitamento de créditos (na nova CBS e IBS) exige que o contribuinte cumpra os requisitos legais, inclusive estar regular com o fisco em alguns casos (sem débitos em aberto);
Fornecedores e parceiros comerciais podem deixar de comprar de empresas com dívidas se isso impactar o direito deles ao crédito, pois existe a previsão de bloqueio de crédito em operações com empresas irregulares (isso está em debate na regulamentação).
Estar inadimplente pode impactar certidões negativas, que são exigidas em licitações, financiamentos, contratos com grandes empresas e etc.
Por isso o ideal, é se regularizar, fazer um parcelamento dos débitos e está em dias com a receita federal.
Espero ter ajudado!