Boa noite!
É necessário entender primeiro, qual a dívida atual. Dependendo, pode ter tratativas diferentes, mas na maioria das vezes, não é vantajoso parcelar no CPF. No seu caso, além de não ter a vantagem da dívida ir para o CPF, ela ainda corre o risco de ser pega por omissão de faturamento, por exemplo.
Seria interessante regularizar as pendências, mesmo que parcele, e só depois encerre a empresa.