Olá Matheus, td bem?
Quando ocorre este cenario, eu peco para que a NF seja emitida no nome do pagador (geralmente Pai ou Mae) e na descricao da NF seja informado o nome do(s) paciente(s) bem como CPF e Dt NAscimento.
No sistema que utilizo é possivel no lancamento da nota, informar os beneficiarios, o que faz com que a DMED sai da forma prevista em lei. No seu caso, se o documento ja foi gerado no nome das criancas, vejo que a opção que lhe resta é informa-los como pagadores.
Quanto ao imposto de renda do (pai ou mae) o mesmo deve lancar a NF de pagamento como despesa dos dependentes e se acaso cair em malha apresentar os documentos que possui (NF)
Espero ter ajudado, forte abs