Olá Patrícia
Não se faz cálculo proporcional ao tempo após o MEI. O cálculo é sempre com base nos últimos 12 meses anteriores ao período de apuração. Mesmo os meses em que a empresa era MEI entram na apuração do Fator R, se houve folha e faturamento.
Ou seja, mesmo que a empresa tenha deixado de ser MEI em 01/07, o cálculo do Fator R em julho/2024 (e meses seguintes) considera a soma da folha de salários dos 12 meses anteriores (julho/2023 a junho/2024) e o faturamento do mesmo período.
Espero ter ajudado.