Olá Aladim, tudo bem?
Se você presta serviço como pessoa física, mesmo que tenha cadastro na prefeitura e emita NFS-e, a empresa contratante é quem deve fazer as retenções dos impostos. Você não pode recolher os tributos por conta própria. A empresa deve reter e recolher o INSS, IR (se houver), emitir um RPA, informar esse pagamento no eSocial pelo evento S-1200 e recolher os tributos nos prazos legais. Ou seja, mesmo com NFS-e, se você é pessoa física, a responsabilidade de retenção e recolhimento é da empresa.
Espero ter ajudado.