Olá Gustavo
O sistema não precisa enviar nada para o governo além da NFC-e. O único documento obrigatório que vai para a SEFAZ é a NFC-e.Nada do sistema interno (relatórios, totalizações, etc.) é enviado automaticamente. Mas todas as vendas precisam ter NFC-e.
Se uma venda não tem NFC-e, para o governo ela não existe, isso é omissão de receita.
Para calcular o Simples Nacional, usa-se o faturamento verdadeiro. Mesmo que o sistema registre R$ 30.000,00, se a empresa vendeu R$ 40.000,00, o imposto deve ser calculado sobre R$ 40.000,00.
O problema não é o imposto, e sim a falta de emissão das NFC-e. Se parte das vendas não gera nota, a empresa corre risco de multa e fiscalização.
Espero ter ajudado.