Olá, boa noite!
A primeira coisa a definir, é a prestação de serviços de fato. Ela prestou o serviço para uma pessoa física? Ou para uma pessoa jurídica? É aqui que você vai definir o tomador do serviço. Somente após isso, pensamos em como o pagamento foi efetuado, no seu caso.
Vale lembrar, que ela como autônoma atende do PJ, ela não vai informar esse valor no carnê leão. A empresa deve reter o IR quando ultrapassar o limite de isenção, e ela só vai informar os valores na declaração anual.
Vale lembrar, que com a Reforma Tributária, teremos mudanças em alguns pontos importantes. Caso tenha interesse, temos a nossa Pós em Reforma Tributária que aborda todos os assuntos profundamente.
Espero ter ajudado.