Olá Thalyta
Mesmo após regularizar débitos e declarações do MEI e dar baixa no CNPJ, as obrigações acessórias referentes ao período em que a empresa esteve ativa não desaparecem. A baixa não elimina DCTFWeb nem SPEDs que já eram obrigatórios. Assim, se no período houve fatos geradores, como empregado, pró-labore, INSS, ICMS, IPI, PIS ou Cofins, as DCTFWeb e os SPEDs correspondentes devem ser transmitidos, ainda que a empresa esteja encerrada.
A baixa apenas impede novas obrigações futuras; pendências do passado permanecem exigíveis e precisam ser regularizadas para evitar multas, restrições ao CPF do titular e problemas em fiscalizações futuras.
Espero que ajudado.