Olá, bom dia!
1° pergunta: Pode colocar como regular mesmo;
2° pergunta: Se ela foi excluída do Simples (acredito que sim), deve escolher entre Presumido ou Real.
3° pergunta: Pode ser essa opção
4° pergunta: Para efeitos contábeis, sempre considere competência.
Como a empresa já foi baixada, o simples envio já retira a pendência. Lembrando que se não tiver a pendência de omissão, não é necessário enviar, pelo fato da baixa da empresa.