Olá Carlos, tudo bem?
A resposta da dúvida anterior também se aplica a esse ponto. Como mencionei, não havendo fatos geradores de PIS/Cofins, a igreja fica dispensada da entrega da EFD-Contribuições, não sendo necessário o preenchimento do registro 0000 nem da Natureza da Pessoa Jurídica.
Caso, em algum período, a entidade venha a estar obrigada à EFD, a caracterização da natureza jurídica deve seguir as orientações do próprio layout e da legislação aplicável.
Espero ter ajudado.