Olá Fabiana
No município de São Paulo, a NFS-e exige a identificação do tomador, com CPF (pessoa física) ou CNPJ (pessoa jurídica); na prática, não é possível emitir a nota sem esse dado, pois o próprio sistema costuma rejeitar a emissão e, além disso, a falta de identificação pode gerar questionamentos fiscais sobre o ISS.
Portanto, mesmo para empresas do Simples Nacional, o prestador deve exigir o CPF/CNPJ do cliente antes da emissão; se o tomador se recusar, o correto é não emitir a NFS-e até a regularização ou formalizar a recusa por escrito para resguardo do prestador.
Espero ter ajudado.