Olá Daniela
O despachante recebe do cliente o valor total (taxas + honorários), mas as taxas pertencem ao cliente, não são receita da empresa.
As taxas pagas ao Detran e outros órgãos devem ser tratadas como valores de terceiros. Só o valor do serviço prestado é considerado receita tributável.
A NFS-e deve ser emitida em nome do cliente, apenas pelo valor do serviço do despachante. Exemplo:
Recebeu R$ 1.200,00 (R$ 1.000,00 de taxas + R$ 200,00 de serviço)
Nota fiscal de R$ 200,00 em nome do cliente.
Se o despachante lançar o valor total (R$ 1.200,00) como receita, vai pagar mais imposto do que deve e pode subir de faixa no Simples Nacional e ter tributação indevida.
Espero ter ajudado.