Boa tarde, Jusley,
Boa pergunta! Vou explicar o processo considerando as duas esferas separadamente, porque elas funcionam de formas distintas.
No âmbito federal (Receita Federal)
Após o envio das DCTFs omissas, a regularização do CNPJ não ocorre de forma automática e imediata. O sistema da Receita Federal precisa processar as declarações entregues, e isso pode levar alguns dias. Em alguns casos, mesmo após o envio, pode ser necessário acessar o e-CAC e verificar se ainda existe alguma pendência apontada, pois o sistema pode ter gerado autos de infração ou outras exigências em função da omissão.
Vale também verificar se não há pendências de outras obrigações acessórias no mesmo período, como ECF ou ECD, dependendo do regime da empresa. A situação "Inapto" por omissão de declarações geralmente se resolve com a entrega das obrigações em atraso, mas é importante confirmar no próprio e-CAC que não restou nenhuma outra irregularidade após o processamento.
No âmbito estadual (São Paulo - SEFAZ-SP)
A inscrição estadual inapta em SP, nesse tipo de situação, costuma exigir um procedimento específico junto à SEFAZ-SP, separado do que foi feito na Receita Federal. Não basta regularizar o lado federal para que a inscrição estadual se normalize automaticamente.
Normalmente será necessário acessar o portal da SEFAZ-SP e verificar qual é a exigência específica para reativação da inscrição estadual. No caso de omissão de declarações estaduais, como o GIA, pode ser necessário regularizá-las também. Além disso, dependendo do posto fiscal responsável (no caso, o PF-10 de São José do Rio Preto, conforme aparece no cadastro), pode ser preciso formalizar um pedido de reativação ou comparecer ao posto com documentação.
Resumindo o caminho prático
Após enviar as DCTFs, monitore o e-CAC para confirmar a regularização federal. Em paralelo, acesse o portal da SEFAZ-SP para verificar as pendências estaduais e o que é exigido para reativar a inscrição, pois as duas esferas são independentes e cada uma tem seu próprio processo de regularização.
Se tiver dificuldades para identificar as exigências da SEFAZ-SP, o contato direto com o posto fiscal responsável costuma ser o caminho mais direto para obter orientação específica para o caso.