Olá Robson, tudo bem?
Para proceder com a baixa, será necessário enviar as declarações pendentes.
Se a empresa estava inativa nesse período (é importante ter certeza dessa informação), ao transmitir a DCTF como inativa, provavelmente as pendências da EFD-Contribuições e ECF também serão resolvidas.
Caso contrário, será necessário enviar essas declarações normalmente (ECF e EFD-Contribuições).
No entanto, independentemente de a empresa estar inativa ou não, será necessário entregar a DCTFWeb e a GFIP.
Após resolvida as pendências, você pode prosseguir com a baixa.
Espero ter ajudado!