Boa tarde, Juliana,
Isso é uma situação que dá para resolver, mas o caminho certo depende de qual documento já foi gerado a partir dessa medição.
O primeiro ponto é entender o que "encerrar a medição" significou na prática. Se foi apenas um registro interno, dentro de uma planilha de controle ou de um sistema de gestão de obras, sem geração de nota fiscal ou lançamento contábil vinculado ao encerramento do contrato, a correção é mais simples. Você reabre o registro, ajusta o valor para refletir apenas o percentual efetivamente executado até aquela competência, e segue com as próximas medições parciais normalmente, como se a medição errada nunca tivesse sido lançada como final.
Se, no entanto, essa medição encerrada já gerou nota fiscal de serviço, especialmente em se tratando de construção civil, onde a nota costuma vir acompanhada de retenção de INSS e às vezes de ISS, a correção exige mais cuidado. Nesse caso não basta ajustar internamente, porque existe um documento fiscal já emitido com base num valor e numa condição que não correspondem à realidade da obra. As opções normalmente disponíveis são a emissão de carta de correção, quando o erro é apenas de descrição e não afeta valores, tributos ou destinatário, ou o cancelamento da nota dentro do prazo permitido pela prefeitura, seguido da emissão de uma nova nota já com o valor correto da medição parcial. Vale lembrar que prazo de cancelamento de nota de serviço varia bastante entre municípios, então antes de qualquer coisa é importante confirmar isso no portal da prefeitura ou no sistema de emissão usado.
Existe também a dimensão contratual, que muitas vezes fica esquecida nesse tipo de erro. Encerrar a medição de uma obra, mesmo que só documentalmente, pode ter efeitos como liberação de retenções de garantia, início de contagem de prazos de vistoria final, ou até caracterização de aceite da obra pelo contratante. Por isso, é recomendável formalizar a correção também com o cliente ou contratante, por meio de um aditivo, uma notificação simples ou um termo de retificação, deixando claro que a medição anterior foi encerrada por engano e que a obra continua em andamento, com o cronograma físico financeiro original sendo retomado.
Se puder me contar se já foi emitida nota fiscal com base nessa medição errada, e se o contrato prevê alguma cláusula específica sobre medições e encerramento, consigo te ajudar a montar o texto da correção ou orientar melhor sobre o procedimento fiscal aplicável.