Olá Ana Paula, tudo bem?
As organizações religiosas podem optar pelo regime normal, mas podem ser ou não isentas de impostos como IRPJ, CSLL, PIS e Cofins, desde que cumpram os requisitos legais. Elas precisam cumprir algumas obrigações acessórias, como: Declarações municipais (DFMS), EFD Contribuições, ECF e ECD, dependendo do regime tributário e da atividade da igreja.
Quanto à folha de pagamento, se a igreja contratar funcionários, ela é obrigada a pagar os impostos sobre a folha, como INSS, FGTS, IRRF e PIS da mesma forma que outras empresas.
Espero ter ajudado.