Olá, bom dia!
Partindo do princípio de que a mercadoria atende a legislação vigente no estado, quanto a isenção, temos o seguinte:
Na entrada, você escritura conforme a nota.
Já na saída, você deve usar o CSOSN 400 (Simples Nacional - Mercadoria isenta) ou CSOSN 500 (ICMS cobrado anteriormente por substituição tributária), dependendo do motivo da isenção. Se for isenção própria, 400 é o padrão.
Vale lembrar, que é importante consultar a legislação estadual, para ter uma base legal com respaldo.
Espero ter ajudado.