Olá Fernanda
A empresa pode, sim, sair do Simples Nacional no meio do ano em razão da entrada de uma pessoa jurídica (Holding) no seu quadro societário, mas isso ocorre como desenquadramento obrigatório, e não por opção. Pela Lei Complementar nº 123/2006, empresa optante pelo Simples não pode ter sócio pessoa jurídica; assim, quando a Holding ingressar formalmente no capital social, o Simples será vedado. Os efeitos do desenquadramento começam a partir do mês seguinte ao da alteração contratual, não havendo retroatividade para janeiro, desde que a comunicação seja feita no prazo legal no Portal do Simples Nacional.
Do ponto de vista contábil, não é necessário encerrar a contabilidade no meio do ano. O exercício social permanece único, de 1º de janeiro a 31 de dezembro, apenas com dois regimes tributários no mesmo exercício: Simples Nacional até o mês do evento societário e, a partir do mês seguinte, Lucro Presumido ou Lucro Real. É recomendável elaborar balancete ou balanço na data da mudança apenas para fins de controle e governança, mas não há encerramento formal de exercício. No período fora do Simples, a empresa passa a cumprir as obrigações acessórias do regime adotado, como DCTF/DCTFWeb, EFD-Contribuições e ECF, sendo esta última obrigatória mesmo que a empresa tenha permanecido parte do ano no Simples.
Espero ter ajudado.