Olá Pedro, tudo bem?
Sobre o PIS e COFINS, no caso de perda, como o bem não teve sua destinação final como insumo/revenda, o crédito deve ser estornado. Porém, o crédito de PIS e COFINS será estornado diretamente na EFD- Contribuições. Os registros que devem ser preenchidos para o estorno:
Registro M110: Ajustes do Crédito de PIS/Pasep Apurado 02 INDAJ Indicador do tipo de ajuste: 0- Ajuste de redução;
Registro M510: Ajustes do Crédito de Cofins Apurado 02 INDAJ Indicador do tipo de ajuste: 0- Ajuste de redução.
Já o crédito do IPI relativo aos insumos, objeto de quebra (perecimento, deterioração etc.) deve ser estornado na escrita fiscal, no período de apuração em que se verificar a ocorrência. Havendo mais de uma aquisição e não sendo possível determinar aquela que corresponde ao estorno, este será calculado com base no preço médio das aquisições. O estorno do crédito será lançado diretamente no livro Registro de Apuração do IPI, item 010 - "Estornos de Créditos" (No que se refere à EFD - ICMS/IPI)
Espero ter ajudado!