Boa tarde!
Como a NFA foi emitida pelo produtor rural pessoa física e não houve circulação da mercadoria, não se trata de devolução nem de recusa. Como o prazo de cancelamento já passou, a regularização deve ser feita pelo emitente da NFA, conforme o procedimento de cancelamento extemporâneo previsto pela SEFAZ da respectiva UF. A empresa destinatária não deve emitir NF de devolução ou NF de entrada apenas para anular a operação.
A base geral está no Ajuste SINIEF 07/2005, mas o procedimento específico depende da legislação estadual.