Olá Carolina, boa noite.
De acordo com a legislação brasileira, geralmente os serviços prestados para empresas no exterior que resultam em ingresso de divisas para o Brasil podem ser isentos de PIS e COFINS. No entanto, essa isenção pode não se aplicar se o serviço for considerado como realizado no Brasil."
A Instrução Normativa RFB nº 2121, de 15 de dezembro de 2022, consolida a legislação sobre PIS/Pasep e COFINS e pode conter informações relevantes sobre o tema1. Além disso, decisões judiciais indicam que serviços como reparos em navios estrangeiros, quando feitos em águas brasileiras, têm seu resultado imediatamente apurado no Brasil, o que gera a incidência de ISS (Imposto Sobre Serviços), por exemplo2.
Para o caso específico que você mencionou, onde o serviço é realizado em um navio estrangeiro em águas nacionais, é importante verificar se a atividade se enquadra como exportação de serviços, o que poderia levar à isenção de PIS e COFINS. No entanto, se o serviço for considerado como prestado no território nacional, a isenção pode não se aplicar.
Espero ter ajudado!