Vou direto às duas perguntas, porque elas são interligadas: primeiro a questão do enquadramento retroativo, depois a estratégia deste mês.
1. A clínica realmente não estava apta ao Anexo III
Odontologia e prótese dentária estão expressamente listadas entre as atividades sujeitas ao Fator R (art. 18, §5º-I, II da LC 123/2006), então a clínica de fato só poderia tributar pelo Anexo III se FS12/RBT12 ≥ 28% nos últimos 12 meses.
Fazendo a conta grosseira do cenário que você descreveu (uma empregada, salário mínimo, sem pró-labore declarado): folha anual mesmo com encargos fica em torno de R$ 25.000,00 a 27.000,00 mil, contra receita bruta anual de R$ 300.000,00 mil, Fator R na faixa de 8,00%-9,00%. Muito abaixo dos 28%. Ou seja, sim, houve erro de enquadramento nos últimos 3 anos, e como regra geral o Anexo V tende a gerar carga tributária maior que o Anexo III nessas faixas de receita, então provavelmente há diferença de DAS a recolher (não a restituir).
2. A estratégia de agosto: correta, mas o efeito não é imediato
Contratar a segunda empregada e fixar o pró-labore são despesas reais e genuínas, não há problema de simulação, é elisão fiscal legítima, desde que a remuneração seja compatível com a função/mercado e o trabalho seja efetivo.
O ponto de atenção técnico: o Fator R não é calculado sobre o mês corrente isoladamente. É FS12/RBT12 a folha acumulada dos últimos 12 meses dividida pela receita acumulada dos últimos 12 meses. Então, mesmo que em agosto a proprietária consiga fazer folha do mês/receita do mês = 28,00%, isso não empurra o índice acumulado para 28,00% de uma vez.
O efeito é diluído: Cada mês novo entra no acumulado, mas os 11 meses anteriores (com folha baixíssima) continuam pesando na conta até saírem da janela móvel. Dado que o Fator R histórico estava em média 8,00%-9,00%, a migração efetiva para Anexo III tende a ser gradual, ao longo de vários meses (podendo levar perto de 12 meses até estabilizar, dependendo de quanto a folha nova representa).
Vale rodar a simulação mês a mês (FS12/RBT12 projetado) para saber a partir de qual competência o Fator R realmente cruza os 28,00% não presumir que setembro já vai sair no Anexo III só porque agosto teve folha "correta".
3. Como corrigir o passado
Confirmado que o Fator R esteve abaixo de 28% nos últimos 3 anos, o caminho é retificar o PGDAS-D competência a competência:
Prazo: decadencial de 5 anos, contado do 1º dia do exercício seguinte à competência as competências dos últimos 3 anos estão tranquilamente dentro do prazo, e é possível retificar mesmo já tendo pago o DAS original (desde que não haja procedimento fiscal já iniciado sobre aquele período).
Efeito cascata: como o Fator R e a RBT12 são acumulados de 12 meses, retificar uma competência antiga normalmente exige revisar também as competências seguintes que foram "contaminadas" pela mudança de anexo/base o próprio sistema do PGDAS-D sinaliza quando uma competência subsequente precisa ser revista antes de aceitar nova transmissão.
Se houver compensação ativa em algum desses períodos, ela precisa ser cancelada antes de retificar, senão a retificadora não é processada corretamente.
DAS complementar: para cada competência com diferença a maior, o sistema gera um complementar, com juros (Selic) e multa de mora contados desde o vencimento original de cada competência não há como escapar disso, já que o tributo foi declarado (ainda que a menor), o que em geral afasta a aplicação plena da denúncia espontânea do art. 138 CTN sobre a multa (entendimento amparado na Súmula 360 do STJ, que restringe o benefício quando já houve declaração prévia do tributo). Vale, de todo modo, regularizar proativamente antes de qualquer início de fiscalização a diferença prática é evitar multa de ofício (bem mais pesada) caso a Receita identifique o erro primeiro.
DEFIS: depois de retificar o PGDAS-D dos anos afetados, confira se a DEFIS de cada ano-calendário precisa ser retificada também, para manter consistência entre as declarações.
A partir de janeiro de 2026 as regras de multa por atraso ficaram mais rígidas (contagem imediata a partir do vencimento, sem carência), o que reforça o argumento de regularizar isso o quanto antes em vez de deixar acumular.
Recomendo simular o Fator R mês a mês dos últimos 36 meses antes de começar a retificar, para ter o valor total da diferença antes de apresentar à cliente pode ser um valor relevante e ela vai querer negociar parcelamento do complementar, se for o caso, aguardar a prescrição isso e uma decisão muito difícil mais o cliente tem que ter conhecimento e decisão conjunta.