Os valores pagos a autônomos (contribuintes individuais) via RPA podem sim integrar a base da FS12 para fins de cálculo do Fator R, desde que constem na GFIP com a devida incidência da Contribuição Previdenciária Patronal (20%), conforme exige o § 5-J do art. 18 da LC 123/2006 e o art. 26 da Resolução CGSN nº 140/2018.
O que entra na FS12:
Remuneração de empregados, avulsos e contribuintes individuais (incluindo pró-labore e RPA), desde que informados em GFIP;
13º salário;
Contribuição Patronal Previdenciária (inclusive a paga dentro do DAS do Simples Nacional);
FGTS.
O que não entra na FS12:
Distribuição de lucros, aluguéis;
Pagamentos a estagiários (Lei 11.788/2008);
Pagamentos a MEI.
As retenções de INSS e IR sobre o RPA não são consideradas encargos da empresa, pois são apenas repassadas ao fisco em nome do prestador. Já a CPP (20%), se houver, deve ser considerada na folha do Fator R.